Эффективность четырех анализа амплификации нуклеиновых кислот для идентификации SARS-COV-2 в Эфиопии

Спасибо за посещение Nature.com. Вы используете версию браузера с ограниченной поддержкой CSS. Для наилучшего опыта мы рекомендуем использовать обновленный браузер (или отключить режим совместимости в Internet Explorer). Кроме того, чтобы обеспечить постоянную поддержку, мы показываем сайт без стилей и JavaScript.
Отображает карусель из трех слайдов одновременно. Используйте предыдущие и следующие кнопки, чтобы пройти через три слайда за раз, или используйте кнопки ползунка в конце, чтобы пройти через три слайда за раз.
Со времени вспышки коренавируса 2019 года (COVID-19), многие коммерческие тесты на амплификацию нуклеиновых кислот были разработаны по всему миру и стали стандартными анализами. Хотя несколько тестов были быстро разработаны и применялись к лабораторным диагностическим тестам, производительность этих тестов не была оценена в различных условиях. Таким образом, это исследование было направлено на оценку эффективности анализов Abbott SARS-COV-2, DAAN, BGI и биотехнологии Sansure с использованием композитного эталонного стандарта (CRS). Исследование было проведено в Эфиопском институте общественного здравоохранения (EPHI) с 1 по 30 декабря 2020 года. 164 Образцы носоглотки были извлечены с использованием комплекта Mini RNA QiAamp и системы подготовки образца ДНК Абботт. Из 164 образцов 59,1% были положительными, а 40,9% были отрицательными для CRS. Позитивность биотехнологии Sansure была значительно низкой по сравнению с CRS (P <0,05). Позитивность биотехнологии Sansure была значительно низкой по сравнению с CRS (P <0,05). Пелосителгин -вернат -биотехноз Положительные результаты Sansure Biotech были значительно ниже по сравнению с CRS (P <0,05).与 CRS 相比 ， Sansure Biotech 的阳性率显着较低 (P <0,05)。。与 CRS 相比 ， Sansure Biotech 的阳性率显着较低 (P <0,05)。。 У меня биотехнология биотехнозащита Sansure Biotech имела значительно меньше положительных результатов по сравнению с CRS (P <0,05).Общее согласие четырех анализов составило 96,3–100% по сравнению с CRS. В дополнение к низкопозитивному уровню биотехнологического анализа Sansure, эффективность четырех анализов была почти сопоставимой. Таким образом, анализ Sansure Biotech [только исследования (RUO)] требует дополнительной проверки для его использования в Эфиопии. Наконец, следует рассмотреть дополнительные исследования для оценки анализов с соответствующими требованиями производителя.
Лабораторные тестирование является частью стратегического плана Всемирной организации здравоохранения (ВОЗ) для болезней коронавируса 2019 (COVID-19) и реагирования (SPRP). Кто консультирует, что страны должны создать лабораторные потенциалы для улучшения готовности, надлежащего управления делами, бдительности и быстрого ответа на проблемы общественного здравоохранения. Это говорит о том, что роль лаборатории является ключом к характеристике заболевания и эпидемиологии новых инфекционных агентов и контроля их распространения.
Диагноз COVID-19 требует эпидемиологической и медицинской информации, личных симптомов/признаков, а также рентгенографических и лабораторных данных2. Поскольку вспышка COVID-19 была зарегистрирована в Ухане, Китай, по всему миру были разработаны многие коммерческие тесты на амплификацию нуклеиновых кислот (NAAT). Реакция обратной транскрипции в реальном времени полимеразной цепной реакции (RRT-PCR) была использована в качестве обычного и стандартного метода лабораторной диагностики тяжелого острого респираторного синдрома 2 (SARS-COV-2) 3. Молекулярное обнаружение SARS-COV-2 обычно основано на N (ген NucleocapsID белка), гена E (Envelope Bletin) и гена RDRP (РНК-зависимый ген РНК-полимераза) в ORF1A/B (открытое кадр считывания 1A/B). Ген) область, идентифицированная из вирусного генома. Они считаются основными консервативными регионами, обнаруженными в вирусных геномах для распознавания вируса4. Среди этих генов гены RDRP и E обладают высокой аналитической чувствительностью обнаружения, в то время как ген N имеет низкую аналитическую чувствительность5.
Эффективность анализов ПЦР может варьироваться в зависимости от различных факторов, таких как: реагенты экстракции, реагенты амплификации/обнаружения, метод экстракции, качество машины ПЦР и другие инструменты. По состоянию на апрель 2020 года более 48 различных диагностических устройств из девяти стран получили разрешение на чрезвычайное использование (EUA) для диагностики COVID-196. В Эфиопии более 14 платформ ПЦР в реальном времени используются для обнаружения ПЦР SARS-COV-2 в 26 учреждениях общественного здравоохранения, в том числе ABI 7500, Abbott M2000, Roche 48000 и Quant-Studio7. Кроме того, доступны различные наборы для ПЦР, такие как тест генов DAAN, тест Abbott SARS-COV-2, тест на биотехнологию Sansure и тест SARS-COV-2 BGI. Хотя RRT-PCR очень чувствителен, некоторые пациенты с COVID-19 сообщают о ложных отрицательных результатах из-за недостаточных копий вирусной рибонуклеиновой кислоты (РНК) в образцах из-за неправильного сбора, транспорта, хранения и обработки и лабораторных испытаний. Условия и действия персонала8. Кроме того, образец или контроль неправильного обращения, настройки порога цикла (КТ) и перекрестная реактивность с другими патогенными нуклеиновыми кислотами или неактивной/остаточной РНК SARS-COV-2 могут привести к ложноположительным результатам в анализах RRT-PCR9. Таким образом, ясно, что тесты ПЦР действительно могут идентифицировать носители фрагментов генов, поскольку они не могут даже различать по -настоящему активные вирусные гены, поэтому тесты могут идентифицировать только носителей, а не пациентов10. Следовательно, важно оценить диагностические показатели, используя стандартные методы в наших условиях. Хотя многие реагенты NAAT доступны в Эфиопском институте общественного здравоохранения (EPHI) и по всей стране, сравнительная оценка их эффективности еще не сообщается. Таким образом, это исследование было направлено на оценку сравнительных показателей коммерчески доступных наборов для обнаружения SARS-COV-2 с помощью RRT-PCR с использованием клинических образцов.
В этом исследовании были включены 164 участника с подозреваемым COVID-19. Большинство образцов были от центров лечения (118/164 = 72%), в то время как оставшиеся 46 (28%) участников были из центров без лечения. Среди участников, которых нет в центре, 15 (9,1%) имели клинически подозреваемые случаи, а 31 (18,9%) имели контакты подтвержденных случаев. Девяносто три (56,7%) участников были мужчинами, а средний (± SD) возраст участников составлял 31,10 (± 11,82) года.
В этом исследовании были определены положительные и отрицательные показатели четырех тестов для COVID-19. Таким образом, положительные показатели анализа Abbott SARS-COV-2, анализа DAAN Gene 2019-NCOV, анализа SARS-COV-2 BGI и анализа Sansure Biotech 2019-NCOV составили 59,1%, 58,5%, 57,9% и 55,5% соответственно. Положительные и отрицательные баллы составного эталонного стандарта (CRS) составляли 97 (59,1%) и 67 (40,9%) соответственно (Таблица 1). В этом исследовании определение CRS было основано на правиле «любого положительного», посредством которого из четырех результатов испытаний два или более результатов теста, которые дали одинаковый результат, считались истинными положительными или отрицательными.
В этом исследовании мы обнаружили отрицательное процентное согласие (NPA) 100% (95% CI 94,6–100) для всех анализов по сравнению с CRS. Анализ биотехнологии Sansure показал минимальный PPA 93,8% (95% CI 87,2-97,1), а анализ гена DAAN 2019-NCOV имел общее согласие 99,4% (95% CI 96,6-99,9). Напротив, общее согласие между анализом BGI SARS-COV-2 и анализом Sansure Biotech 2019-NCOV составило 98,8% и 96,3% соответственно (таблица 2).
Коэффициент Cohen Kappa по согласию между CRS и результатами анализа Abbott SARS-COV-2 был полностью последовательным (K = 1,00). Аналогичным образом, значения каппа Коэна, обнаруженные DAAN Gene 2019-NCOV, SARS-COV-2 BGI и Sansure Biotech 2019-NCOV, также полностью согласуются с CRS (K ≥ 0,925). В этом сравнительном анализе тест хи-квадрат (тест McNemar) показал, что результаты анализа Sansure Biotech 2019-NCOV значительно отличались от результатов CRS (P = 0,031) (таблица 2).
Как показано на рис.1 Процент самого низкого значения КТ (<20 CT) анализа Abbott SARS-COV-2 (комбинированный RDRP и N Gene) составил 87,6%, а значение CT Gene Biotech 2019-NCOV в Gene/B (<20 CT) составляло 50,3%, а высокое значение CT (36-40 CT). 1 Процент самого низкого значения КТ (<20 CT) анализа Abbott SARS-COV-2 (комбинированный RDRP и N Gene) составил 87,6%, а значение CT Gene Biotech 2019-NCOV в Gene/B (<20 CT) составляло 50,3%, а высокое значение CT (36-40 CT).Как показано на рис.1, Orf1a/b analiзa sansure biotech 2019-ncov pocalo чto proцent-4-naчenien ct (<20 ct) cpostawlaol. СОСТИЦА ВАЙЛО 3,2%. 1, процент анализа самого низкого значения CT (<20 CT) Abbott SARS-COV-2 (комбинированный ген RDRP и N) составил 87,6%, а значение CT гена ORF1A/B анализ Sansure Biotech 2019-NCOV показал, что процент низкого значения CT (<20 CT) соблюдает 50,3%и высокая стоимость CT CT (36-CT (36-CT (36-CT (36-CT (36-CT-CT (36–200,3%и высокая стоимость (36–20%CT. 3,2%.如图 1 所示 ， abbott sars-cov-2 检测 (结合 rdrp 和 n 基因） 的最低 ct 值百分比 (<20 ct) 为 87,6%， Biotech 2019-NCOV 检测的 orf1a/b 基因 Ct 值显示低 Ct 值 (<20 Ct) 的百分比为 50.3%， 高 高 高 高 高 高 高 高 高 高 3%高 (36–40. Как показано на рисунке 1, самый низкий процент значения КТ (<20 CT) теста Abbott SARS-COV-2 (комбинация RDRP и N Gene) составляет 87,6%, а ген ORF1A/B значение CT CT Sansure Biotech 2019-NCOV тест показывает, что CT 值 (<20 CT) 的 процент-50,3%. Капканано-арисунке 1, analyз abbott sars-cov-2 (soчetaющiй grenы rdrp n) ymel-nehene-vernene-nehene-nehene-nehene-nehene-nehene-nehene Получите 87,6%, а также ct gena orf1a/b vysledovanini sansure biotech 2019- Анали. Как показано на рисунке 1, анализ Abbott SARS-COV-2 (комбинация генов RDRP и N) имел самое низкое значение CT-значения (<20 CT) на 87,6%, в то время как значение CT гена ORF1A/B в исследовании Sansure Biotech 2019-анализ NCOV показал низкий CT. ProseNTHENTHENHENIй (<20 CT) СОСТАВИЛ 50,3%, APROцENTHOCOOKIх зNAчENIй CT (36–40 Ct) СОСТАВИЛ 3,2%. Процент значений (<20 CT) составлял 50,3%, а процент высоких значений CT (36–40 CT) составлял 3,2%.Тест Abbott Sars-Cov-2 B записал значения КТ выше 30. С другой стороны, на анализе BGI SARS-COV-2 orf1a/B был высокий процент CT (> 36 CT) составлял 4% (рис. 1). С другой стороны, на анализе BGI SARS-COV-2 orf1a/B был высокий процент CT (> 36 CT) составлял 4% (рис. 1). C Drugoй storonы, vanaliз bgi sars-cov-2 genen orf1a/b ymel-wysocoe зnaчenege ct (> 36 ct), преж. С другой стороны, в анализе гена BGI SARS-COV-2 ORF1A/B имел высокое значение КТ (> 36 CT), процент которых составлял 4% (рис. 1).另一方面 ， 在 bgi sars-cov-2 检测中 ， orf1a/b 基因具有高 ct 值 (> 36 ct) 的百分比为 4%(图 1)）。。 С другой стороны, в обнаружении BGI SARS-COV-2 процент гена ORF1A/B с высоким значением КТ (> 36 CT) составляет 4% (рис. 1). Cdrugoй storonы, wanaliз bgi sars-cov-2 froцentgenow1a/b s vыsokimi зnaчeninami ct (> 36 ct) sophstaviv wil 4% (с. 1% (с. С другой стороны, в анализе BGI SARS-COV-2 процент генов ORF1A/B с высокими значениями CT (> 36 CT) составлял 4% (рис. 1).
В этом исследовании мы взяли 164 образца носоглотки. Для всех типов анализов выделение и амплификацию РНК были выполнены с использованием методов и наборов, рекомендованных соответствующими производителями.
Это исследование продемонстрировало, что тест Эбботта на SARS-COV-2 обладает такими же показателями обнаружения, что и CRS, с 100% положительным, отрицательным и общим согласием. Соглашение Коэна Каппа составляет 1,00, что указывает на полное согласие с CRS. Аналогичное исследование Университета Вашингтона в США показало, что общая чувствительность и специфичность теста Abbott для SARS-COV-2 составляли 93% и 100% соответственно по сравнению с лабораторным анализом (LDA) CDC. 11. Система обнаружения Abbott SARS-COV-2 основана на одновременном комбинированном обнаружении генов N и RDRP, поскольку оба гена более чувствительны, сводя к минимуму ложные негативы12. Исследование, в Вене, Австрия также показало, что большие объемы образца и объемы элюента обнаружения сводят к минимуму эффекты разбавления и повышенную эффективность обнаружения13. Таким образом, идеальное совпадение Эбботта для анализа SARS-COV-2 может быть связано с системой обнаружения платформы, которая одновременно обнаруживает комбинаторные гены, извлекает большое количество образцов (0,5 мл) и использует большое количество элюента (40 мкл).
Наши результаты также показали, что показатели обнаружения генетического теста DAAN были почти такими же, как и у CRS. Это согласуется с исследованием14, проведенным в Университете Анхуи в Хуайане, Китай, и претензии производителя 100% положительного соглашения. Несмотря на сообщения о последовательных результатах, одна выборка была ложной отрицательной после повторного тестирования того же элюата, но была положительной в анализах Abbott Sars-Cov-2 и Sansure Biotech NCOV-2019. Это говорит о том, что может быть изменчивость в результатах по разным типам анализов. Тем не менее, в исследовании, проведенном в Китае15, результат анализа генов DAAN значительно отличался (P <0,05) по сравнению с их референтным анализом, определенным LAB. Тем не менее, в исследовании, проведенном в Китае15, результат анализа генов DAAN значительно отличался (P <0,05) по сравнению с их референтным анализом, определенным LAB. ТЕМ НЕ, ВОЗНАЯ, ПРЕВЕРЕДНАННА. Лесураторногаролов. Тем не менее, в исследовании в Китае15 результат анализа гена DAAN значительно отличался (P <0,05) от их лабораторного справочного анализа.然而 ， 15 ， 大安基因检测的结果与其实验室定义的参考检测相比有显着差异 (P <0,05)。。然而 ， 15 ， 大安基因检测的结果与其实验室定义的参考检测相比有显着差 <0,05 ОДНАКОВОВОЙ, ПРОВЕРЕЙННОН, КИТАЕР, КИТАЕГО15, РЕЙОЛАТАТАТА Скринних С. ​​С. Однако в исследовании в Китае15 результаты генетического теста DAAN были значительно различны (P <0,05) по сравнению с его эталонным лабораторным тестом.Это расхождение может быть связано с чувствительностью эталонного теста для обнаружения SARS-COV-2, и для определения причины могут быть важны дальнейшие исследования.
Кроме того, наше исследование оценило сравнительную эффективность анализа BGI SARS-COV-2 с CRS, показывая превосходное согласие положительного процента (PPA = 97,9%), отрицательное процентное согласие (NPA = 100%) и общее процентное согласие по полу (OPA). ) = 98,8%). Значения Каппа Коэна показали хорошее согласие (k = 0,975). Исследования в Нидерландах16 и China15 показали последовательные результаты. Тест BGI SARS-COV-2 представляет собой один тест на обнаружение одного гена (ORF1A/B) с использованием Eluate 10 мкл амплификации/обнаружения. Несмотря на хорошее статистическое согласие с нашими эталонными результатами, анализ пропустил два положительных образца (1,22%) от общей выборки. Это может иметь огромные клинические последствия для динамики передачи как на уровне пациента, так и на уровне сообщества.
Другим сравнительным анализом, включенным в это исследование, был анализ Sansure Biotech NCOV-2019 RRT-PCR (RUO); Общий процент соответствия составил 96,3%. Сила согласия была также определена значением каппа Коэна, которое составляло 0,925, что указывает на полное согласие с CRS. Опять же, наши результаты идентичны исследованиям, проведенным в Университете Центрального Юга в Чанша, Китай, и на факультете клинической лаборатории Народной больницы Лючжоу, город Лючжоу, Китай17. Несмотря на то, что вышеуказанное хорошее статистическое согласие было зарегистрировано, тест хи-квадрат (тест MacNemar) показал, что результат биотехнологического анализа Sansure имел статистически значимое различие по сравнению с CRS (P <0,005). Несмотря на то, что вышеуказанное хорошее статистическое согласие было зарегистрировано, тест хи-квадрат (тест MacNemar) показал, что результат биотехнологического анализа Sansure имел статистически значимое различие по сравнению с CRS (P <0,005). НЕСМОТРИКА (Критеридммара) Покарала, аро -югутат Анали -сансус биотехно 0,005). Хотя хорошее статистическое согласие было зарегистрировано, тест хи-квадрат (тест Макнемара) показал, что результат биотехнологического анализа Sansure имел статистически значимое различие по сравнению с CRS (P <0,005).尽管记录了上述良好的统计一致性 ， 但卡方检验 (MacNemar 检验) 表明 ， Sansure Biotech 检测的结果与 CRS 相比具有统计学显着差异 (P <0,005)。。尽管 记录 上述 良好 统计 一致性 ， 但 检验 检验 (MacNemar 检验 ， ， ， Sansure Biotech 检测 与 与 Crs 相比 具有 显着 （（（(P <0,005 。。。。。。。。。。。。。。。。。。。）））））） Несотр. Статистески в зnahymuю raзniцui (p <0,005). Несмотря на хорошее статистическое соглашение, отмеченное выше, тест хи-квадрат (тест Макнемара) показал статистически значимое различие (р <0,005) между биотехнологическим анализом Sansure и CRS.Было обнаружено, что шесть образцов (3,66%) являются ложными негативами по сравнению с CRS (дополнительная таблица 1); Это очень важно, особенно с учетом динамики передачи вируса. Приведенные выше данные также поддерживают эту низкую скорость обнаружения15.
В этом исследовании значения КТ были определены для каждого анализа и соответствующей платформы, причем самое низкое среднее значение КТ сообщалось в анализе Abbott SARS-COV-2. Этот результат может быть связан с одновременной комбинированной системой генетического тестирования Эбботта для обнаружения SARS-COV-2. Следовательно, согласно рисунку 1, 87,6% результатов Abbott SARS-COV-2 имели значения КТ ниже 20. Лишь небольшое количество результатов выборки (12,4%) находилось в диапазоне 20-30. Значения КТ выше 30 не были записаны. В дополнение к использованию Абботта в формате генетического тестирования панели SARS-COV-2, этот результат может быть связан с более низким пределом обнаружения (32,5 копии РНК/мл) 18, что в три раза ниже, чем нижний предел компании 100 копий РНК/мл. мл) 19.
Это исследование имеет некоторые ограничения: во -первых, у нас нет стандартных/эталонных методов [таких как вирусная нагрузка или другие лабораторные тесты (LDA)] из -за отсутствия ресурсов. Во -вторых, все образцы, используемые в этом исследовании, были носоглотками мазки, в то время как результаты не были применимы к другим типам образцов, а в -третьих, размер выборки был небольшим.
Это исследование сравнивало эффективность четырех анализов RRT-PCR для SARS-COV-2 с использованием образцов носоглотки. Все анализы обнаружения имели почти сопоставимую производительность, за исключением биотехнологического анализа Sansure. Кроме того, низкий уровень позитивности был идентифицирован в биотехнологическом анализе Sansure по сравнению с CRS (P <0,05). Кроме того, низкий уровень позитивности был идентифицирован в биотехнологическом анализе Sansure по сравнению с CRS (P <0,05). Кротехнизируйте биотехнологию, биотехнологическую биотехту Кроме того, тест на биотехнологию Sansure показал низкий процент положительных результатов по сравнению с CRS (P <0,05).此外 ， 与 Crs 相比 ， Sansure Biotech 检测的阳性率较低 (P <0,05)。此外 ， 与 Crs 相比 ， Sansure Biotech 检测的阳性率较低 (P <0,05)。 Кромель, Анали, Сансюр Биотехно, ИМЕЛА Кроме того, биотехнологический анализ Sansure имел более низкий уровень позитива по сравнению с CRS (P <0,05).Анализ Sansure Biotech NCOV-2019 (RUO) PPA, NPA и общего соглашения превышал 93,5% с силой Cohen Kappa стоимости соглашения 0,925. Наконец, анализ Biotech Sansure (RUO) требует дальнейшей проверки для использования в Эфиопии, и следует рассмотреть дополнительные исследования для оценки претензий отдельных производителей.
Сравнительная конструкция исследования была проведена в четырех медицинских учреждениях в Аддис -Абебе, больнице Эка Котбе, Центре лечения церкви тысячелетия, Мемориальной больнице Зуудиту и в больнице Святого Петра в туберкулезе. Данные были собраны в период с 1 до 31 декабря 2020 года. Медицинские учреждения для этого исследования были целенаправленно выбраны на основе их большого количества случаев и наличия основных лечебных центров в городе. Аналогичным образом, инструменты, в том числе PCR-инструменты ABI 7500 и Abbott M2000 в реальном времени, были отобраны в соответствии с рекомендациями производителей реагентов NAAT, и для этого исследования были отобраны четыре набора для обнаружения ПЦР, поскольку большинство лабораторий в Эфиопии использовали не менее четырех из них. Генный тест, тест Abbott SARS-COV-2, биотехнологический тест Sansure и тест SARS-COV-2 BGI, проведенный во время исследования).
Тестирование на SARS-COV-2 проводили с 1 по 30 декабря 2020 года с использованием 3 мл вирусной транспортной среды (VTM) (Miraclean Technology, Шэньчжэнь, Китай) от изучаемых лиц для COVID-19, упомянутых в EPHI. Образцы носоглотки были собраны обученными коллекционерами и отправлялись в EPHI в тройных упаковках. До выделения нуклеиновой кислоты каждому образу присваивается уникальный идентификационный номер. Извлечение выполняется из каждого образца сразу после прибытия с использованием ручных и автоматических методов извлечения. Таким образом, для автоматической экстракции Abbott M2000, 1,3 мл (в том числе 0,8 мл мертвого объема и объем экстракции 0,5 мл) был извлечен из каждого образца и проходил через систему приготовления образца ДНК Эбботт (Abbott Molecular Inc. DES Plaines, IL, USA). ) Партия из 96 [92 образцов, два контроля обнаружения и два неврементных контроля (NTC)] была включена в общий процесс (поиск и обнаружение) двух раундов SARS-COV-2 (EUA) в режиме реального времени. добыча. Точно так же для ручной извлечения используйте одни и те же образцы (для автоматической извлечения и обнаружения). Таким образом, на протяжении всего процесса 140 мкл образцов аликвотировали и извлечены с использованием мини -набора вирусной РНК Qiaamp (Qiagen GmbH, Хильден, Германия) в партиях из 24 (включая 20 образцов, два контроля анализа и два NTC) в течение девяти раундов. Вручную извлеченные элуаты были амплифицированы и обнаружены с использованием термического цикла ABI 7500 с использованием анализа BGI SARS-COV-2, анализа генов DAAN и анализа биотехнологии Sansure.
Автоматизированная выделение и очистка вирусной РНК SARS-COV-2 следует принципу магнитного шарика с использованием реагентов приготовления образца ДНК Эбботт. Инактивация образцов и солюбилизация вирусных частиц выполняется с использованием моющего, содержащего изотиоцианат гуанидина, для денатуры белка и инактивации РНКазы. Затем РНК отделяется от белка при разделении твердой фазы с использованием кремнезема, то есть соль гуанидиния и щелочный рН буфера лизиса способствует связыванию нуклеиновых кислот с кремнезмом (SIO2). Стадия полоскания удаляет оставшиеся белки и мусор, чтобы произвести четкое решение. Прозрачная РНК выделяется из микрочастиц на основе кремнезема с использованием магнитного поля прибора20,21. С другой стороны, ручная выделение и очистка РНК выполняется методом спиновой колонки с использованием центрифугирования вместо магнитной стойки и отделения микрочастиц от элюента.
Испытание на обнаружение SARS-COV-2 Abbott в реальном времени (Abbott Molecular, Inc.) проводился в соответствии с инструкциями производителя, который получил EUA19,22 от ВОЗ и FDA. В этом протоколе инактивация образца до экстракции была выполнена в водяной бане при 56 ° С в течение 30 минут. После инактивации вируса экстракция нуклеиновой кислоты проводили на приборе Abbott M2000 SP от 0,5 мл VTM с использованием системы подготовки образца ДНК Abbott M2000. По словам производителя. Усиление и обнаружение проводили с использованием прибора Abbott M2000 RT-PCR, и для генов RDRP и N было выполнено двойное обнаружение. Rox) и Vic P (запатентованный краситель) для нацеливания и обнаружения внутренних контролей, что позволяет одновременно обнаружить обоих продуктов амплификации 19.
Метод обнаружения усиления этого комплекта основан на одностадийной технологии RT-PCR. Гены ORF1A/B и N были отобраны в качестве консервативных областей с помощью технологии гена DAAN для обнаружения амплификации целевой области. Специфические праймеры и флуоресцентные зонды (n генных зондов, помеченные FAM, ORF1A/B-зонды, помеченные VIC) были разработаны для обнаружения РНК SARS-COV-2 в образцах. Последние элюэнты и главные смеси готовили путем добавления 5 мкл элюента до 20 мкл мастер -смеси к конечному объему 25 мкл. Усиление и обнаружение проводили одновременно на ПЦР-инструменте ABI 750024 в реальном времени.
Гены ORF1A/B и N были обнаружены с использованием биотехнологического диагностического набора нуклеиновых кислот SANSURE NCOV-2019 (обнаружение флуоресцентной ПЦР). Подготовьте конкретные зонды для каждого целевого гена, выбрав канал FAM для области ORF1A/B и канала ROX для гена N. В этот набор для анализа добавляются элуенты и мастер -реагенты смеси: приготовьте 30 мкл мастер -реагента и 20 мкл элюированного образца для обнаружения/усиления. ПЦР в реальном времени ABI 750025 использовалась для усиления/обнаружения.
Тест SARS-COV-2 BGI представляет собой флуоресцентный комплект RRT-PCR в реальном времени для диагностики COVID-19. Целевая область расположена в области ORF1A/B генома SARS-COV-2, который представляет собой метод обнаружения одного гена. Кроме того, β-актин для домашнего хозяйства человека является внутренне регулируемым геном-мишенью. Основной смеси готовятся путем смешивания 20 мкл реагента мастер -смеси и 10 мкл экстрагированного РНК -образца в скважинной пластине26. Флуоресцентный количественный ПЦР-прибор ABI 7500 был использован для усиления и обнаружения. Все усиление нуклеиновой кислоты, условия прогона ПЦР для каждого анализа и интерпретация результатов проводилась в соответствии с инструкциями соответствующего производителя (Таблица 3).
В этом сравнительном анализе мы не использовали эталонный стандартный метод для определения процентного согласия (положительный, отрицательный и общий) и другие параметры сравнения для четырех анализов. Каждое сравнение тестов было проведено с помощью CRS, в этом исследовании CRS был установлен правилом «любого положительного», и результат был определен, а не одним тестом, мы использовали как минимум два соответствующих результата теста. Кроме того, в случае передачи COVID-19 ложные отрицательные результаты более опасны, чем ложные положительные результаты. Следовательно, чтобы сказать «положительный» как можно точнее, из результата CR Таким образом, из четырех результатов теста два или более результатов теста, которые дают одинаковый результат, считаются истинными положительными или отрицательными18,27.
Данные были собраны с использованием структурированных форм извлечения данных, ввод данных и анализ были выполнены с использованием статистического программного обеспечения Excel и SPSS версии 23.0 для описательной статистики. Положительное, отрицательное и общее процентное согласие было проанализировано, и для определения степени согласия каждого метода использовался показатель каппа. Значения каппа интерпретируются следующим образом: от 0,01 до 0,20 для легкого соглашения, от 0,21 до 0,40 для общего соглашения, 0,41-0,60 для умеренного соглашения, 0,61-0,80 для основного соглашения и 0,81-0,99 для полного соглашения28.
Этическое разрешение было получено от Университета Аддис -Абебы, и все экспериментальные протоколы для этого исследования были одобрены Советом по обзору этики Эфиопского института общественного здравоохранения. Справочный номер для лицензии на этику EPHI-EPHI/IRB-279-2020. Все методы были применены в соответствии с рекомендациями и положениями Национальных комплексных руководств Эфиопии для лечения COVID-19. Кроме того, письменное информированное согласие было получено от всех участников исследования до участия в исследовании.
Все данные, полученные или проанализированные в этом исследовании, включены в эту опубликованную статью. Данные, поддерживающие результаты этого исследования, доступны от соответствующего автора по разумному запросу.
Всемирная организация здравоохранения. Рекомендации по стратегиям лабораторного тестирования для COVID-19: Промежуточное руководство, 21 марта 2020 года № WHO/2019-NCOV/LAB_TESTING/2020.1 (WHO, 2020).
Mouliou, DS, Pantazopoulos, I. & Gourgoulianis, Ki Covid-19 Smart Diagnose в отделении неотложной помощи: Ell-In Practice. Mouliou, DS, Pantazopoulos, I. & Gourgoulianis, Ki Covid-19 Smart Diagnose в отделении неотложной помощи: Ell-In Practice.Muliou, DS, Pantazopoulos, I. и Gurgulianis, Ki интеллектуальной диагноз Covid-19 в отделении неотложной помощи: все на практике.Muliou DS, Pantazopoulos I. и Gurgulyanis Ki Интеллектуальный диагноз Covid-19 в отделениях неотложной помощи: сквозная интеграция на практике. Эксперт Преподобный Рыбак. лекарство. 3, 263–272 (2022).
Митчелл, SL & St George, K. Оценка анализа EUA COVID19. Митчелл, SL & St George, K. Оценка анализа EUA COVID19.Митчелл, С.Л. и Сент -Джордж К. Оценка анализа Covid19 теперь EUA.Митчелл С.Л. и Сент -Джордж К. Оценка анализа COVID19 теперь EUA. J. Клинический. Вирус. 128, 104429. Https://doi.org/10.1016/j.jcv.2020.104429 (2020).
ВОЗ. Лабораторное обнаружение заболевания коронавируса 2019 (Covid-19) при подозрении на заболевание человека. https://www.who.int/publications/i/item/10665-331501 (по состоянию на 15 августа 2020 г.) (WHO, 2020).
Удугама, Б. и соавт. Диагностика COVID-19: заболевания и инструменты тестирования. ACS Nano 14 (4), 3822–3835 (2020).
Syed S. et al. Создание Колледжа патологов восточной, центральной и южной Африки - Региональной школы патологии Ближнего Востока и Южной Африки. Африка. J. Lab. лекарство. 9 (1), 1-8 (2020).
Эфиопский институт общественного здравоохранения, Федеральное министерство здравоохранения. Временная национальная стратегия и руководство по лабораторной диагностике COVID-19. https://ephi.gov.et/images/novel_coronavirus/ephi_pheoc_covid-19_laboratory_diagnosis_eng.pdf (по состоянию на 12 августа 2020 г.) (Ephi, 2020).
Woloshin, S., Patel, N. & Kesselheim, как ложные негативные тесты для проблем и последствий инфекции SARS-COV-2. Woloshin, S., Patel, N. & Kesselheim, как ложные негативные тесты для проблем и последствий инфекции SARS-COV-2.Voloshin S., Patel N. и Kesselheim как ложные отрицательные тесты для инфекций SARS-COV-2 и их последствий.Voloshin S., Patel N. и Kesselheim в качестве ложноотрицательных тестов на провокацию и влияние инфекции SARS-COV-2. Н. англ. J. Medicine. 383 (6), E38 (2020).
Mouliou, DS & Gourgoulianis, KI False-положительный и ложноотрицательный Covid-19 Случаи: стратегии профилактики дыхания и управления, вакцинация и дальнейшие перспективы. Mouliou, DS & Gourgoulianis, KI False-положительный и ложноотрицательный Covid-19 Случаи: стратегии профилактики дыхания и управления, вакцинация и дальнейшие перспективы. Mouliou, ds & gourgoulianis, ki loжnopolohytelnhe yloжnootryцolnhe-stuчai-covid-19: respyratra-ypre-lecsterernirnirnirnirnirnirnirnirnipryre Весинахия Mouliou, DS & Gourgoulianis, KI False Positive и ложные отрицательные случаи Covid-19: стратегии профилактики дыхания и лечения, вакцинация и путь вперед.Muliu, DS и Gurgulianis, Ki False-положительные и ложные случаи Covid-19: стратегии для профилактики и лечения дыхания, вакцинации и движения вперед. Эксперт Преподобный Рыбак. лекарство. 15 (8), 993–1002 (2021).
Mouliou, DS, Ioannis, P. & Konstantinos, G. Covid-19 Диагностика в отделении неотложной помощи: видение дерева, но потери леса. Mouliou, DS, Ioannis, P. & Konstantinos, G. Covid-19 Диагностика в отделении неотложной помощи: видение дерева, но потери леса.Mouliou, DS, Ioannis, P. и Konstantinos, G. Covid-19 Диагностика в отделении неотложной помощи: см. Дерево, потеряйте лес.Muliou DS, Ioannis P. и Konstantinos G. Диагностика Covid-19 в отделениях неотложной помощи: недостаточно леса для деревьев. Появляться. лекарство. J. https://doi.org/10.1136/emermed-2021-212219 (2022).
Degli-Angeli, E. et al. Валидация и проверка аналитических и клинических результатов анализа Abbott Realtime SARS-COV-2. J. Клинический. Вирус. 129, 104474. Https://doi.org/10.1016/j.jcv.2020.104474 (2020).
Mollaei, HR, Afshar, AA, Kalantar-Leyestanaki, D., Fazlalipour, M. & Aflatoonian, B. Сравнение пять наборов праймеров из различной области генома Covid-19 для обнаружения вирусной инфекции с помощью обычного RT-PCR. Mollaei, HR, Afshar, AA, Kalantar-neestanaki, D., Fazlalipour, M. & Aflatoonian, B. Сравнение пяти наборов праймеров из разных областей генома Covid-19 для обнаружения вирусной инфекции по обычным RT-PCR.Mollaei, HR, Afshar, AA, Kalantar-neastanaki, D., Fazlalipour, M. и Aflatunyan, B. Сравнение пяти наборов праймеров из разных областей генома Covid-19 для обнаружения вирусной инфекции с помощью обычного ОТ-ПЦР. Mollaei, HR, Afshar, AA, Kalantar-Leageestanaki, D., Fazlalipour, M. & Aflatoonian, B. 比较来自 Covid-19 不同基因组区域的五个引物组 用于通过常规 用于通过常规 rt-pcr 检测病毒感染。 Mollaei, HR, Afshar, AA, Kalantar-Learyestanaki, D., Fazlalipour, M. & Aflatoonian, B. Сравнение 5 различных генетических областей Covid-19 для обнаружения вирусной инфекции обычным ОТ-ПЦР.Mollaei HR, Afshar AA, Kalantar-neestanaki D, Fazlalipour M. и Aflatunyan B. Сравнение пяти наборов праймеров из разных областей генома Covid-19 для обнаружения вирусной инфекции с помощью обычного RT-PCR.Иран J. Микробиология. 12 (3), 185 (2020).
Goertzer, I. et al. Предварительные результаты Национальной программы оценки внешнего качества для обнаружения последовательностей генома SARS-COV-2. J. Клинический. Вирус. 129, 104537. Https://doi.org/10.1016/j.jcv.2020.104537 (2020).
Ван, М. и соавт. Аналитическая оценка эффективности пяти комплектов ОТ-ПЦР для тяжелого острого респираторного синдрома Коронавирус 2. J. Клинический. лаборатория. анус 35 (1), E23643 (2021).
Wang B. et al. Оценка семи коммерчески доступных наборов для обнаружения РНК SARS-COV-2 в Китае на основе полимеразной цепной реакции в реальном времени (ПЦР). клинический. Химический. лаборатория. лекарство. 58 (9), E149 - E153 (2020).
Ван Кастерен, PB et al. Сравнение семи коммерческих диагностических комплектов COVID-19 RT-PCR. J. Клинический. Вирус. 128, 104412 (2020).
Lu, Yu, et al. Сравнение диагностических характеристик двух комплектов ПЦР для обнаружения нуклеиновых кислот SARS-COV-2. J. Клинический. лаборатория. анус 34 (10), E23554 (2020).
Лефарт, PR и т. Д. Сравнительное исследование четырех платформ тестирования на амплификацию нуклеиновых кислот SARS-COV-2 (NAAT) показало, что производительность ID в настоящее время значительно ухудшалась в зависимости от типа пациента и образца. диагноз. Микробиология. Инфекция дисс. 99 (1), 115200 (2021).
Эбботт молекула. Abbott в режиме реального времени SARS-COV-2 Вставка пакета. https://www.molecular.abbott/us/en/products/infectious-disease/realtime-sars-cov-2-assay. 1-12. (По состоянию на 10 августа 2020 г.) (2020).
Klein, S. et al. SARS-COV-2 РНК выделение с использованием магнитных шариков для быстрого крупномасштабного обнаружения с помощью RT-QPCR и RT-лампа. Вирус 12 (8), 863 (2020).