中文网站 
Благодарим вас за посещение Nature.com.Вы используете версию браузера с ограниченной поддержкой CSS.Для оптимальной работы мы рекомендуем вам использовать обновленный браузер (или отключить режим совместимости в Internet Explorer).Кроме того, чтобы обеспечить постоянную поддержку, мы показываем сайт без стилей и JavaScript.
Отображает карусель из трех слайдов одновременно.Используйте кнопки «Назад» и «Далее», чтобы перемещаться по трем слайдам за раз, или используйте кнопки ползунка в конце, чтобы перемещаться по трем слайдам за раз.
После вспышки коронавирусной болезни (COVID-19) в 2019 году во всем мире было разработано множество коммерческих тестов амплификации нуклеиновых кислот (МАНК), которые стали стандартными анализами.Хотя несколько тестов были быстро разработаны и применены к лабораторным диагностическим тестам, эффективность этих тестов не оценивалась в различных условиях.Таким образом, это исследование было направлено на оценку эффективности анализов Abbott SARS-CoV-2, Daan Gene, BGI и Sansure Biotech с использованием составного эталонного стандарта (CRS).Исследование проводилось в Эфиопском институте общественного здравоохранения (EPHI) с 1 по 30 декабря 2020 года. 164 образца носоглотки были извлечены с использованием мини-набора QIAamp RNA и системы подготовки образцов ДНК Abbott.Из 164 образцов 59,1% были положительными, а 40,9% — отрицательными на СВК. Положительные результаты Sansure Biotech были значительно ниже по сравнению с CRS (p < 0,05). Положительные результаты Sansure Biotech были значительно ниже по сравнению с CRS (p < 0,05). Положительные результаты Sansure Biotech были значительно ниже по сравнению с CRS (p < 0,05). Положительные результаты Sansure Biotech были значительно ниже по сравнению с CRS (p < 0,05).与CRS 相比，Sansure Biotech 的阳性率显着较低（p < 0,05）。与CRS 相比，Sansure Biotech 的阳性率显着较低（p < 0,05）。 У Sansure Biotech было значительно меньше положительных результатов по сравнению с CRS (p < 0,05). У Sansure Biotech было значительно меньше положительных результатов по сравнению с CRS (p < 0,05).Общая согласованность четырех анализов составила 96,3–100% по сравнению с CRS.В дополнение к низкой частоте положительных результатов анализа Sansure Biotech эффективность четырех анализов была почти сопоставимой.Таким образом, анализ Sansure Biotech [Research Only (RUO)] требует дополнительной проверки для его использования в Эфиопии.Наконец, следует рассмотреть возможность проведения дополнительных исследований для оценки анализов с соответствующими заявлениями производителя.
Лабораторное тестирование является частью Стратегического плана Всемирной организации здравоохранения (ВОЗ) по готовности и реагированию на коронавирусную болезнь 2019 (COVID-19) (SPRP).ВОЗ сообщает, что странам необходимо наращивать лабораторный потенциал для повышения готовности, надлежащего ведения случаев, бдительности и быстрого реагирования на проблемы общественного здравоохранения.Это говорит о том, что роль лаборатории является ключевой для характеристики болезни и эпидемиологии возникающих инфекционных агентов и контроля их распространения.
Диагноз COVID-19 требует эпидемиологической и медицинской информации, личных симптомов/признаков, а также рентгенологических и лабораторных данных2.С тех пор как вспышка COVID-19 была зарегистрирована в Ухане, Китай, во всем мире было разработано множество коммерческих тестов амплификации нуклеиновых кислот (МАНК).Полимеразная цепная реакция с обратной транскрипцией в режиме реального времени (rRT-PCR) использовалась в качестве рутинного и стандартного метода лабораторной диагностики инфекции тяжелого острого респираторного синдрома 2 (SARS-CoV-2)3.Молекулярное обнаружение SARS-CoV-2 обычно основано на генах N (ген нуклеокапсидного белка), E (ген белка оболочки) и RdRp (ген РНК-зависимой РНК-полимеразы) в ORF1a/b (открытая рамка считывания 1a/b) .ген) область, идентифицированная из вирусного генома.Они считаются основными консервативными областями вирусных геномов для распознавания вирусов4.Среди этих генов гены RdRp и E обладают высокой аналитической чувствительностью обнаружения, тогда как ген N имеет низкую аналитическую чувствительность5.
Производительность анализов ПЦР может варьироваться в зависимости от различных факторов, таких как: реагенты для экстракции, реагенты для амплификации/детекции, метод экстракции, качество машины для ПЦР и других инструментов.По состоянию на апрель 2020 года более 48 различных диагностических устройств из девяти стран получили разрешение на использование в чрезвычайных ситуациях (EUA) для диагностики COVID-196.В Эфиопии более 14 платформ ПЦР в реальном времени используются для ПЦР-обнаружения SARS-CoV-2 в 26 учреждениях здравоохранения, включая ABI 7500, Abbott m2000, Roche 48000 и Quant-studio7.Кроме того, доступны различные тестовые наборы для ПЦР, такие как тест Daan Gene, тест Abbott SARS-CoV-2, тест Sansure Biotech и тест SARS-CoV-2 BGI.Хотя rRT-PCR обладает высокой чувствительностью, некоторые пациенты с COVID-19 сообщают о ложноотрицательных результатах из-за недостаточного количества копий вирусной рибонуклеиновой кислоты (РНК) в образцах из-за неправильного сбора, транспортировки, хранения и обработки, а также лабораторных испытаний.условия и действия персонала8.Кроме того, неправильное обращение с образцом или контролем, установка порога цикла (Ct) и перекрестная реактивность с другими патогенными нуклеиновыми кислотами или неактивной/остаточной РНК SARS-CoV-2 могут привести к ложноположительным результатам в анализах rRT-PCR9.Таким образом, становится ясно, что ПЦР-тесты действительно могут идентифицировать носителей фрагментов генов, поскольку они даже не могут различать действительно активные вирусные гены, поэтому тесты могут идентифицировать только носителей, а не пациентов10.Поэтому важно оценить диагностическую эффективность, используя стандартные методы в наших условиях.Хотя многие реагенты МАНК доступны в Институте общественного здравоохранения Эфиопии (EPHI) и по всей стране, о сравнительной оценке их эффективности пока не сообщалось.Таким образом, это исследование было направлено на оценку сравнительной эффективности имеющихся в продаже наборов для обнаружения SARS-CoV-2 с помощью rRT-PCR с использованием клинических образцов.
Всего в это исследование было включено 164 участника с подозрением на COVID-19.Большинство образцов были взяты из лечебных центров (118/164 = 72%), а остальные 46 (28%) участников были из нелечебных центров.Среди участников, не получавших лечения в центре, у 15 (9,1%) были клинически подозреваемые случаи, а у 31 (18,9%) были контакты с подтвержденными случаями.Девяносто три (56,7%) участника были мужчинами, а средний (± SD) возраст участников составил 31,10 (± 11,82) года.
В этом исследовании были определены положительные и отрицательные показатели четырех тестов на COVID-19.Таким образом, положительные показатели тестов Abbott SARS-CoV-2, Daan Gene 2019-nCoV, SARS-CoV-2 BGI и Sansure Biotech 2019-nCoV составили 59,1%, 58,5%, 57,9% и 55,5% соответственно. .Положительные и отрицательные баллы составного эталонного стандарта (CRS) составили 97 (59,1%) и 67 (40,9%) соответственно (таблица 1).В этом исследовании определение СВК было основано на правиле «любой положительный результат», в соответствии с которым из четырех результатов теста два или более результатов теста, давших одинаковый результат, считались истинно положительными или отрицательными.
В этом исследовании мы обнаружили отрицательное процентное совпадение (NPA) 100% (95% ДИ 94,6–100) для всех анализов по сравнению с CRS.Анализ Sansure Biotechnology показал минимальный PPA 93,8% (95% ДИ 87,2-97,1), а анализ Daan Gene 2019-nCoV показал общее совпадение 99,4% (95% ДИ 96,6-99,9).Напротив, общее соответствие между анализом SARS-CoV-2 BGI и анализом Sansure Biotech 2019-nCoV составило 98,8% и 96,3% соответственно (таблица 2).
Коэффициент согласия Каппа Коэна между результатами анализа CRS и Abbott SARS-CoV-2 полностью соответствовал (K = 1,00).Точно так же значения каппа Коэна, обнаруженные Daan Gene 2019-nCoV, SARS-CoV-2 BGI и Sansure Biotech 2019-nCoV, также полностью соответствуют CRS (K ≥ 0,925).В этом сравнительном анализе тест хи-квадрат (тест Макнемара) показал, что результаты анализа Sansure Biotech 2019-nCoV значительно отличались от результатов CRS (p = 0,031) (таблица 2).
Как показано на рис.1 процент самого низкого значения Ct (< 20 Ct) анализа Abbott SARS-CoV-2 (комбинированный ген RdRp и N) составлял 87,6%, а значение Ct гена ORF1a/b анализа Sansure Biotech 2019-nCoV показало, что процент низкого Значение Ct (< 20 Ct) составляло 50,3%, а высокое значение Ct (36–40 Ct) составляло 3,2%. 1 процент самого низкого значения Ct (< 20 Ct) анализа Abbott SARS-CoV-2 (комбинированный ген RdRp и N) составлял 87,6%, а значение Ct гена ORF1a/b анализа Sansure Biotech 2019-nCoV показало, что процент низкого Значение Ct (< 20 Ct) составляло 50,3%, а высокое значение Ct (36–40 Ct) составляло 3,2%.Как показано на рис.1, процент наименьшего значения Ct (< 20 Ct) анализа Abbott SARS-CoV-2 (комбинированный ген RdRp и N) показал 87,6%, а значение Ct гена ORF1a/b анализа Sansure Biotech 2019-nCoV показал, что процент показал значения Ct (< 20 Ct) составляет 50,3%, высокое значение Ct (36–40 Ct) составляет 3,2%. 1, процент самого низкого значения Ct (< 20 Ct) анализа Abbott SARS-CoV-2 (комбинированный ген RdRp и N) составил 87,6%, а значение Ct анализа гена ORF1a/b Sansure Biotech 2019-nCoV показало что на долю низкого значения Ct (< 20 Ct) приходится 50,3%, а на высокое значение Ct (36–40 Ct) приходится 3,2%.如 图 1 所 示 ， abbott sars-cov-2 检测 (结合 rdrp 和 n 基因） 的 低 低 ct 值 百分比 (<20 ct) 为 87,6%， Sansure Biotech 2019-NCOV 检测 的 的 orf1a/b 基因 值 低 ct值(< 20 Ct) 的百分比为50,3%, 高Ct 值(36–40 Ct) 的百分比为3,2%。 Как показано на рисунке 1, наименьшее процентное значение Ct (< 20 Ct) теста Abbott SARS-CoV-2 (комбинация RdRp и гена N) составляет 87,6%, значение Ct гена ORF1a/b теста Sansure Biotech 2019-nCoV показывает низкий Ct 值 (< 20 Ct) 的 процент составляет 50,3%, 高Ct 值 (36–40 Ct) 的 процент составляет 3,2%. Как показано на рисунке 1, анализ Abbott SARS-CoV-2 (сочетающий гены RdRp и N) имел самое низкое процентное значение Ct (< 20 Ct) в размере 87,6%, значение Ct гена ORF1a/b в исследовании Sansure Biotech 2019 - Анализ nCoV показал низкий Ct. Как показано на рисунке 1, анализ Abbott SARS-CoV-2 (сочетающий гены RdRp и N) имел самое низкое процентное значение Ct (< 20 Ct) на уровне 87,6%, в то время как значение Ct гена ORF1a/b в тесте Sansure Исследование Biotech 2019 — Анализ nCoV показал низкий Ct. Процент показателей (< 20 Ct) показал 50,3%, процент высоких значений Ct (36–40 Ct) показал 3,2%. Процент значений (< 20 Ct) составил 50,3 %, а процент высоких значений Ct (36–40 Ct) — 3,2 %.Тест Abbott SARS-CoV-2 B зафиксировал значения Ct выше 30. С другой стороны, в анализе BGI SARS-CoV-2 ген ORF1a/b имел высокое значение Ct (> 36 Ct), процент которого составлял 4% (рис. 1). С другой стороны, в анализе BGI SARS-CoV-2 ген ORF1a/b имел высокое значение Ct (> 36 Ct), процент которого составлял 4% (рис. 1). С другой стороны, в анализе BGI SARS-CoV-2 ген ORF1a/b имеют высокое значение Ct (> 36 Ct), процент которого составляет 4% (рис. 1). С другой стороны, при анализе BGI SARS-CoV-2 ген ORF1a/b имел высокое значение Ct (> 36 Ct), процентное содержание которого составило 4% (рис. 1).另一方面，在BGI SARS-CoV-2 检测中，ORF1a/b 基因具有高Ct 值（>36 Ct）的百分比为4%（图1）。 С другой стороны, при обнаружении BGI SARS-CoV-2 процент гена ORF1a/b с высоким значением Ct (>36 Ct) составляет 4% (рис. 1). С другой стороны, в анализе BGI SARS-CoV-2 процент генов ORF1a/b с высокими значениями Ct (>36 Ct) составил 4% (рис. 1). С другой стороны, в анализе BGI SARS-CoV-2 процент генов ORF1a/b с высокими значениями Ct (>36 Ct) составил 4% (рис. 1).
В этом исследовании мы взяли 164 образца носоглотки.Для всех типов анализов выделение и амплификацию РНК проводили с использованием методов и наборов, рекомендованных соответствующими производителями.
Это исследование продемонстрировало, что тест Abbott на SARS-CoV-2 имеет такую же эффективность обнаружения, как CRS, со 100% положительными, отрицательными и общими совпадениями.Каппа-соглашение Коэна равно 1,00, что указывает на полное согласие с CRS.Аналогичное исследование, проведенное Вашингтонским университетом в США, показало, что общая чувствительность и специфичность теста Эбботта на SARS-CoV-2 составляют 93% и 100% соответственно по сравнению с лабораторно-определяемым анализом (LDA) CDC. .11. Система обнаружения SARS-CoV-2 компании Abbott основана на одновременном комбинированном обнаружении генов N и RdRp, поскольку оба гена более чувствительны, что сводит к минимуму ложноотрицательные результаты12.Исследование, проведенное в Вене, Австрия, также показало, что большие объемы образцов для экстракции и объемы элюента для обнаружения минимизируют эффекты разбавления и повышают эффективность обнаружения13.Таким образом, идеальное соответствие Abbott анализу SARS-CoV-2 может быть связано с системой обнаружения платформы, которая одновременно обнаруживает комбинаторные гены, извлекает большое количество образцов (0,5 мл) и использует большое количество элюента (40 мкл).
Наши результаты также показали, что эффективность обнаружения генетического теста Daan была почти такой же, как у CRS.Это согласуется с исследованием14, проведенным в Аньхойском университете в Хуайнане, Китай, и заявлением производителя о 100% положительном согласии.Несмотря на сообщения о непротиворечивых результатах, один образец был ложноотрицательным после повторного тестирования того же элюата, но был положительным в анализах Abbott SARS-CoV-2 и Sansure Biotech nCoV-2019.Это говорит о том, что могут быть различия в результатах разных типов анализов. Тем не менее, в исследовании, проведенном в Китае15, результат анализа Daan Gene значительно отличался (p < 0,05) от их лабораторного эталонного анализа. Тем не менее, в исследовании, проведенном в Китае15, результат анализа Daan Gene значительно отличался (p < 0,05) от их лабораторного эталонного анализа. Тем не менее, в исследовании, проведенном в Китае15, результат анализа Daan Gene значительно отличался (p < 0,05) от их лабораторного эталонного анализа. Однако в исследовании, проведенном в Китае15, результат анализа Daan Gene значительно отличался (p < 0,05) от их лабораторного эталонного анализа.然而，在中国进行的研究中15，大安基因检测的结果与其实验室定义的参考检测相比有显着差弈p <5着差弈p<0.0.0.0 Однако в опыте, проведенном в Китае15, результаты генетического теста Daan значительно отличались (p < 0,05) по сравнению с его эталонным лабораторным тестом. Однако в исследовании, проведенном в Китае15, результаты генетического теста Daan значительно отличались (p < 0,05) по сравнению с эталонным лабораторным тестом.Это несоответствие может быть связано с чувствительностью эталонного теста к обнаружению SARS-CoV-2, и дальнейшие исследования могут иметь важное значение для определения причины.
Кроме того, в нашем исследовании оценивалась сравнительная эффективность анализа BGI SARS-CoV-2 с CRS, показывая отличное положительное процентное согласие (PPA = 97,9%), отрицательное процентное согласие (NPA = 100%) и общее процентное согласие по полу ( ОПА).).= 98,8%).Значения Каппа Коэна показали хорошее совпадение (К = 0,975).Исследования в Нидерландах16 и Китае15 показали стабильные результаты.Тест SARS-CoV-2 BGI представляет собой тест обнаружения одного гена (ORF1a/b) с использованием 10 мкл элюата для амплификации/детекции.Несмотря на хорошее статистическое совпадение с нашими справочными результатами, анализ пропустил два положительных образца (1,22%) от общего количества образцов.Это может иметь огромные клинические последствия для динамики передачи как на уровне пациента, так и на уровне сообщества.
Другим сравнительным анализом, включенным в это исследование, был анализ Sansure Biotech nCoV-2019 rRT-PCR (RUO);общий процент совпадений составил 96,3%.Сила согласия также определялась значением Каппа Коэна, которое составляло 0,925, что указывает на полное согласие с CRS.Опять же, наши результаты идентичны исследованиям, проведенным в Центральном южном университете в Чанше, Китай, и в отделении клинической лаборатории Народной больницы Лючжоу, город Лючжоу, Китай17. Несмотря на то, что было зафиксировано указанное выше хорошее статистическое соответствие, критерий хи-квадрат (критерий Макнемара) показал, что результат анализа Sansure Biotech имеет статистически значимое различие по сравнению с CRS (p < 0,005). Несмотря на то, что было зафиксировано указанное выше хорошее статистическое соответствие, критерий хи-квадрат (критерий Макнемара) показал, что результат анализа Sansure Biotech имеет статистически значимое различие по сравнению с CRS (p < 0,005). Несмотря на то, что было зафиксировано указанное высокое статистическое значение, критерий хи-квадрат (критерий Макнемара) показал, что результат анализа Sansure Biotech показал показатель измерения по шкале CRS (p < 0,005). Хотя было зафиксировано вышеприведенное хорошее статистическое совпадение, критерий хи-квадрат (критерий Макнемара) показал, что результат анализа Sansure Biotech имеет статистически значимое различие по сравнению с CRS (p < 0,005).尽管 记录 上述 良好 的 统计 一致性 ， 但 卡方 检验 （(MacNemar 检验） 表明 ， Biotech 检测 结果 与 与 与 相比 具有 统计学 显着 （(P <0,005)。。尽管 记录 上述 良好 统计 一致 性 ， 但 检验 （(MacNemar 检验 ， ， ， Biotech 检测 与 与 与 与 相比 具有 显着 (P <0,005 。。。。。。。。。。。。。。。。 。。。）））） Несмотря на отмеченное выше высокое статистическое значение, критерий хи-квадрат (критерий Макнемара) показал высокую значимую разницу (p < 0,005) между анализом Sansure Biotech и CRS. Несмотря на отмеченное выше хорошее статистическое соответствие, критерий хи-квадрат (критерий Макнемара) показал статистически значимую разницу (p < 0,005) между анализом Sansure Biotech и CRS.Шесть образцов (3,66%) оказались ложноотрицательными по сравнению с CRS (дополнительная таблица 1);это очень важно, особенно учитывая динамику передачи вируса.Приведенные выше данные также подтверждают этот низкий уровень обнаружения15.
В этом исследовании значения Ct определялись для каждого анализа и соответствующей платформы, при этом самое низкое среднее значение Ct сообщалось в анализе Abbott SARS-CoV-2.Этот результат может быть связан с системой одновременного комбинированного генетического тестирования Abbott для обнаружения SARS-CoV-2.Следовательно, согласно рисунку 1, 87,6% результатов Abbott SARS-CoV-2 имели значения Ct ниже 20. Только небольшое количество результатов выборки (12,4%) находилось в диапазоне 20-30.Значения Ct выше 30 не регистрировались.В дополнение к использованию Abbott формата панельного генетического тестирования SARS-CoV-2, этот результат может быть связан с нижним пределом обнаружения (32,5 копий РНК/мл)18, который в три раза ниже нижнего предела компании в 100 копий РНК. /мл.мл)19.
Это исследование имеет некоторые ограничения: во-первых, у нас нет стандартных/эталонных методов [таких как вирусная нагрузка или другие лабораторные тесты (LDA)] из-за нехватки ресурсов.Во-вторых, все образцы, использованные в этом исследовании, представляли собой мазки из носоглотки, в то время как результаты не были применимы к другим типам образцов, и, в-третьих, размер нашей выборки был небольшим.
В этом исследовании сравнивалась эффективность четырех анализов rRT-PCR на SARS-CoV-2 с использованием образцов из носоглотки.Все анализы обнаружения имели почти сопоставимую эффективность, за исключением анализа Sansure Biotech. Кроме того, в тесте Sansure Biotech был выявлен низкий процент положительных результатов по сравнению с CRS (p < 0,05). Кроме того, в тесте Sansure Biotech был выявлен низкий процент положительных результатов по сравнению с CRS (p < 0,05). Кроме того, в тесте Sansure Biotech был выявлен низкий процент положительных результатов по сравнению с CRS (p < 0,05). Кроме того, тест Sansure Biotech показал низкий процент положительных результатов по сравнению с CRS (p < 0,05).(p < 0,05)(p < 0,05) Кроме того, анализ Sansure Biotech показал более низкий уровень положительных результатов по сравнению с CRS (p < 0,05). Кроме того, анализ Sansure Biotech имел более низкий уровень положительных результатов по сравнению с CRS (p < 0,05).Анализ Sansure Biotech nCoV-2019 (RUO) PPA, NPA и общего согласия превысил 93,5% при значении силы согласия Коэн-Каппа 0,925.Наконец, тест Sansure Biotech Assay (RUO) нуждается в дальнейшей проверке для использования в Эфиопии, и следует рассмотреть возможность проведения дополнительных исследований для оценки заявлений отдельных производителей.
Сравнительный дизайн исследования был проведен в четырех медицинских учреждениях в Аддис-Абебе, больнице Эка Котебе, лечебном центре церкви Миллениум, мемориальной больнице Зевудиту и специализированной туберкулезной больнице Святого Петра.Данные были собраны в период с 1 по 31 декабря 2020 года. Медицинские учреждения для данного исследования были выбраны целенаправленно, исходя из большого количества заболевших и наличия в городе крупных лечебных центров.Точно так же инструменты, в том числе инструменты для ПЦР в реальном времени ABI 7500 и Abbott m2000, были выбраны в соответствии с рекомендациями производителей реагентов МАНК, и для этого исследования были выбраны четыре набора для обнаружения ПЦР, поскольку большинство лабораторий в Эфиопии использовали как минимум не менее четыре из них.Генный тест, тест Abbott SARS-CoV-2, тест Sansure Biotech и тест SARS-CoV-2 BGI, выполненные в ходе исследования).
Тестирование на SARS-CoV-2 проводилось с 1 по 30 декабря 2020 года с использованием 3 мл вирусной транспортной среды (VTM) (Miraclean Technology, Шэньчжэнь, Китай) от лиц, находящихся под следствием на COVID-19, направленных в EPHI.Образцы носоглотки были собраны обученными сборщиками образцов и отправлены в EPHI тройными упаковками.Перед выделением нуклеиновой кислоты каждому образцу присваивается уникальный идентификационный номер.Экстракция производится из каждого образца сразу по прибытии с использованием ручного и автоматического методов экстракции.Таким образом, для автоматической экстракции Abbott m2000 1,3 мл (включая мертвый объем 0,8 мл и объем на входе для экстракции 0,5 мл) образца извлекали из каждого образца и пропускали через систему подготовки образцов ДНК Abbott (Abbott Molecular Inc. des Plaines, Иллинойс, США).) Партия из 96 [92 образца, два контроля обнаружения и два контроля без шаблона (NTC)] была включена в общий процесс (извлечение и обнаружение) двух раундов SARS-CoV-2 (EUA) в режиме реального времени.добыча полезных ископаемых.Точно так же для ручного извлечения используйте те же образцы (для автоматического извлечения и обнаружения).Таким образом, на протяжении всего процесса образцы по 140 мкл разделяли на аликвоты и экстрагировали с помощью набора QIAamp Viral RNA Mini Kit (QIAGEN GmbH, Hilden, Germany) партиями по 24 штуки (включая 20 образцов, два контроля анализа и два NTC) в течение девяти раундов.Экстрагированные вручную элюаты были амплифицированы и обнаружены с использованием термоциклера ABI 7500 с использованием анализа SARS-CoV-2 BGI, анализа Daan Gene и анализа Sansure Biotech.
Автоматическое выделение и очистка вирусной РНК SARS-CoV-2 осуществляется по принципу магнитных частиц с использованием реагентов для подготовки образцов ДНК Abbott.Инактивацию образцов и солюбилизацию вирусных частиц проводят с помощью детергента, содержащего изотиоцианат гуанидина, для денатурации белка и инактивации РНКазы.Затем РНК отделяют от белка твердофазным разделением с использованием кремнезема, т.е. соль гуанидиния и щелочной рН буфера для лизиса способствуют связыванию нуклеиновых кислот с кремнеземом (SiO2).На этапе промывки удаляются оставшиеся белки и мусор для получения прозрачного раствора.Прозрачная РНК выделяется из микрочастиц на основе кремнезема с помощью магнитного поля прибора20,21.С другой стороны, ручное выделение и очистка РНК осуществляется методом спин-колонок с использованием центрифугирования вместо магнитного штатива и отделения микрочастиц от элюента.
Тест на обнаружение SARS-CoV-2 в режиме реального времени Abbott (Abbott Molecular, Inc.) был проведен в соответствии с инструкциями производителя, который получил EUA19,22 от ВОЗ и FDA.В этом протоколе инактивацию образца перед экстракцией проводили на водяной бане при 56 °C в течение 30 мин.После инактивации вируса экстракцию нуклеиновой кислоты проводили на приборе Abbott m2000 SP из 0,5 мл VTM с использованием системы подготовки образцов ДНК Abbott m2000.согласно производителю.Амплификацию и детекцию проводили с использованием прибора Abbott m2000 RT-PCR, а двойную детекцию проводили для генов RdRp и N.ROX) и VIC P (запатентованный краситель) для нацеливания и обнаружения внутренних контролей, что позволяет одновременно обнаруживать оба продукта амплификации 19 .
Метод обнаружения амплификации этого набора основан на технологии одноэтапной ОТ-ПЦР.Гены ORF1a/b и N были выбраны Daan Gene Technology в качестве консервативных областей для обнаружения амплификации области-мишени.Специфические праймеры и флуоресцентные зонды (зонды гена N, помеченные FAM, зонды ORF1a/b, помеченные VIC) были разработаны для обнаружения РНК SARS-CoV-2 в образцах.Конечный элюент и мастер-миксы готовили путем добавления 5 мкл элюента к 20 мкл мастер-микса до конечного объема 25 мкл.Амплификацию и обнаружение проводили одновременно на приборе для ПЦР в реальном времени ABI 750024.
Гены ORF1a/b и N были обнаружены с использованием набора для диагностики нуклеиновых кислот Sansure Biotech nCoV-2019 (обнаружение флуоресцентной ПЦР).Подготовьте конкретные зонды для каждого гена-мишени, выбрав канал FAM для области ORF1a/b и канал ROX для гена N.В этот набор для анализа добавляются реагенты элюента и мастер-микса следующим образом: подготовьте 30 мкл реагента мастер-микса и 20 мкл элюированного образца для обнаружения/амплификации.Для амплификации/обнаружения использовали ПЦР в реальном времени ABI 750025.
Тест SARS-CoV-2 BGI представляет собой флуоресцентный набор rRT-PCR в реальном времени для диагностики COVID-19.Целевая область расположена в области ORF1a/b генома SARS-CoV-2, что является методом обнаружения одного гена.Кроме того, человеческий ген домашнего хозяйства β-актин является внутренне регулируемым геном-мишенью.Мастер-микс готовят путем смешивания 20 мкл реагента мастер-микса и 10 мкл экстрагированного образца РНК в луночном планшете26.Для амплификации и обнаружения использовали флуоресцентный прибор для количественной ПЦР в реальном времени ABI 7500.Все амплификацию нуклеиновых кислот, условия проведения ПЦР для каждого анализа и интерпретацию результатов выполняли согласно соответствующим инструкциям производителя (таблица 3).
В этом сравнительном анализе мы не использовали метод эталонного стандарта для определения процентного совпадения (положительного, отрицательного и общего) и других параметров сравнения для четырех анализов.Каждое сравнение тестов проводилось с CRS, в данном исследовании CRS устанавливался по правилу «любой положительный» и результат определялся не по одному тесту, мы использовали как минимум два совпадающих результата теста.Кроме того, в случае передачи COVID-19 ложноотрицательные результаты более опасны, чем ложноположительные.Таким образом, чтобы максимально точно сказать «положительный» результат CRS, по крайней мере два аналитических теста должны быть положительными, а это означает, что, по крайней мере, один положительный результат может быть получен из анализа EUA.Таким образом, из четырех результатов теста два или более результата теста, дающие одинаковый результат, считаются истинно положительными или отрицательными18,27.
Данные были собраны с использованием структурированных форм извлечения данных, ввод данных и анализ были выполнены с использованием статистического программного обеспечения Excel и SPSS версии 23.0 для описательной статистики.Были проанализированы положительное, отрицательное и общее процентное согласие, а показатель Каппа использовался для определения степени согласия каждого метода с CRS.Значения Каппа интерпретируются следующим образом: от 0,01 до 0,20 для слабого согласия, от 0,21 до 0,40 для общего согласия, 0,41-0,60 для умеренного согласия, 0,61-0,80 для большого согласия и 0,81-0,99 для полного согласия28.
Этическое разрешение было получено от Университета Аддис-Абебы, и все экспериментальные протоколы для этого исследования были одобрены Наблюдательным советом по научной этике Института общественного здравоохранения Эфиопии.Справочный номер лицензии EPHI Ethics License — EPHI/IRB-279-2020.Все методы применялись в соответствии с рекомендациями и положениями Эфиопского национального комплексного руководства по лечению COVID-19.Кроме того, письменное информированное согласие было получено от всех участников исследования до участия в исследовании.
Все данные, полученные или проанализированные в этом исследовании, включены в эту опубликованную статью.Данные, подтверждающие результаты этого исследования, можно получить у соответствующего автора по обоснованному запросу.
Всемирная организация здравоохранения.Рекомендации по стратегиям лабораторного тестирования на COVID-19: временное руководство, 21 марта 2020 г., № WHO/2019-nCoV/lab_testing/2020.1 (ВОЗ, 2020 г.).
Мулиу, Д.С., Пантазопулос, И. и Гургулианис, К.И. Интеллектуальная диагностика COVID-19 в отделении неотложной помощи: все на практике. Мулиу, Д.С., Пантазопулос, И. и Гургулианис, К.И. Интеллектуальная диагностика COVID-19 в отделении неотложной помощи: все на практике.Мулиу Д.С., Пантазопулос И. и Гургулианис К.И. Интеллектуальная диагностика COVID-19 в отделении неотложной помощи: все на практике.Мулиу Д.С., Пантазопулос И. и Гургулянис К.И. Интеллектуальная диагностика COVID-19 в отделениях неотложной помощи: сквозная интеграция на практике.Эксперт преподобный Респайр.лекарственное средство.3, 263–272 (2022).
Митчелл, С.Л. и Сент-Джордж, К. Оценка анализа COVID19 ID NOW EUA. Митчелл, С.Л. и Сент-Джордж, К. Оценка анализа COVID19 ID NOW EUA.Митчелл С.Л. и Сент-Джордж К. Оценка анализа COVID19 ID NOW EUA.Митчелл С.Л. и Сент-Джордж К. Оценка анализа COVID19 ID NOW EUA.Дж. Клинический.Вирус.128, 104429. https://doi.org/10.1016/j.jcv.2020.104429 (2020).
ВОЗ.Лабораторное выявление коронавирусной болезни 2019 (COVID-19) при подозрении на заболевание человека.https://www.who.int/publications/i/item/10665-331501 (по состоянию на 15 августа 2020 г.) (ВОЗ, 2020 г.).
Удугама, Б. и др.Диагностика COVID-19: заболевания и инструменты тестирования.ACS Nano 14 (4), 3822–3835 (2020).
Сайед С. и соавт.Создание Коллегии патологоанатомов Восточной, Центральной и Южной Африки – Региональной школы патологии Ближнего Востока и Южной Африки.Африка.Дж. Лаб.лекарственное средство.9(1), 1-8 (2020).
Эфиопский институт общественного здравоохранения, Федеральное министерство здравоохранения.Временная национальная стратегия и руководство по лабораторной диагностике COVID-19.https://ephi.gov.et/images/novel_coronavirus/EPHI_PHEOC_COVID-19_Laboratory_Diagnosis_Eng.pdf (по состоянию на 12 августа 2020 г.) (EPHI, 2020).
Волошин С., Патель Н. и Кессельхейм А.С. Ложноотрицательные тесты на инфекции SARS-CoV-2 и их последствия. Волошин С., Патель Н. и Кессельхейм А.С. Ложноотрицательные тесты на инфекции SARS-CoV-2 и их последствия.Волошин С., Патель Н. и Кессельхейм А. С. Ложноотрицательные тесты на инфекции SARS-CoV-2 и их последствия.Волошин С., Патель Н. и Кессельхейм А. С. Ложноотрицательные тесты на провокацию и влияние инфекции SARS-CoV-2.Н. англ.Дж. Медицина.383(6), e38 (2020).
Мулиу, Д.С. и Гургулианис, К.И. Ложноположительные и ложноотрицательные случаи COVID-19: стратегии респираторной профилактики и лечения, вакцинация и дальнейшие перспективы. Мулиу, Д.С. и Гургулианис, К.И. Ложноположительные и ложноотрицательные случаи COVID-19: стратегии респираторной профилактики и лечения, вакцинация и дальнейшие перспективы. Mouliou, DS & Gourgoulianis, KI Ложноположительные и ложноотрицательные случаи COVID-19: респираторная профилактика и стратегическое лечение, вакцинация и снижение риска. Мулиу, Д.С. и Гургулианис, К.И. Ложноположительные и ложноотрицательные случаи COVID-19: стратегии профилактики и лечения респираторных заболеваний, вакцинация и дальнейшие действия.Мулиу Д.С. и Гургулианис К.И. Ложноположительные и ложноотрицательные случаи COVID-19: стратегии респираторной профилактики и лечения, вакцинация и дальнейшие действия.Эксперт преподобный Респайр.лекарственное средство.15(8), 993–1002 (2021).
Мулиу, Д.С., Иоаннис, П. и Константинос, Г. Диагноз COVID-19 в отделении неотложной помощи: увидеть дерево, но потерять лес. Мулиу, Д.С., Иоаннис, П. и Константинос, Г. Диагноз COVID-19 в отделении неотложной помощи: увидеть дерево, но потерять лес.Мулиу, Д.С., Иоаннис, П. и Константинос, Г. Диагностика COVID-19 в отделении неотложной помощи: увидеть дерево, потерять лес.Мулиу Д.С., Иоаннис П. и Константинос Г. Диагностика COVID-19 в отделениях неотложной помощи: для деревьев недостаточно леса.Появляться.лекарственное средство.Дж. https://doi.org/10.1136/emermed-2021-212219 (2022).
Дельи-Анджели, Э. и др.Валидация и валидация аналитической и клинической эффективности теста Abbott RealTime SARS-CoV-2.Дж. Клинический.Вирус.129, 104474. https://doi.org/10.1016/j.jcv.2020.104474 (2020).
Моллаеи, Х.Р., Афшар, А.А., Калантар-Нейестанаки, Д., Фазлалипур, М. и Афлатунян, Б. Сравнение пяти наборов праймеров из разных областей генома COVID-19 для обнаружения вирусной инфекции с помощью обычной ОТ-ПЦР. Моллаеи Х.Р., Афшар А.А., Калантар-Нейестанаки Д., Фазлалипур М. и Афлатунян Б. Сравнение пяти наборов праймеров из разных областей генома COVID-19 для обнаружения вирусной инфекции с помощью обычной ОТ-ПЦР.Моллаеи Х.Р., Афшар А.А., Калантар-Неестанаки Д., Фазлалипур М. и Афлатунян Б. Сравнение пяти наборов праймеров из разных областей генома COVID-19 для обнаружения вирусной инфекции с помощью традиционной ОТ-ПЦР. Mollaei, Hr, Afshar, AA, Kalantar-Leageestanaki, D., Fazlalipour, M. & Aflatoonian, B. 比较 来自 来自 来自 常规 不同 组 区域 五 个 引物组 ， 于 通过 常规 常规 rt-pcr 检测 感染。。。 用 用 用 于 常规 常规 常规 常规 常规 Mollaei, HR, Afshar, AA, Kalantar-Neyestanaki, D., Fazlalipour, M. & Aflatoonian, B. Сравнение 5 различных генетических областей COVID-19 для обнаружения вирусной инфекции с помощью обычной RT-PCR.Моллаеи Х.Р., Афшар А.А., Калантар-Неестанаки Д., Фазлалипур М. и Афлатунян Б. Сравнение пяти наборов праймеров из разных областей генома COVID-19 для обнаружения вирусной инфекции с помощью обычной ОТ-ПЦР.Иран.Дж. Микробиология.12(3), 185 (2020).
Герцер, И. и соавт.Предварительные результаты национальной программы внешней оценки качества обнаружения последовательностей генома SARS-CoV-2.Дж. Клинический.Вирус.129, 104537. https://doi.org/10.1016/j.jcv.2020.104537 (2020).
Ван, М. и др.Аналитическая оценка эффективности пяти наборов ОТ-ПЦР для лечения тяжелого острого респираторного синдрома, вызванного коронавирусом 2. J. Clinical.лаборатория.анус.35(1), e23643 (2021).
Ван Б. и др.Оценка семи имеющихся в продаже наборов для обнаружения РНК SARS-CoV-2 в Китае на основе полимеразной цепной реакции (ПЦР) в реальном времени.клинический.Химический.лаборатория.лекарственное средство.58(9), e149–e153 (2020).
ван Кастерен, П.Б. и др.Сравнение семи коммерческих диагностических наборов RT-PCR COVID-19.Дж. Клинический.Вирус.128, 104412 (2020).
Лу, Ю и др.Сравнение диагностических характеристик двух наборов ПЦР для обнаружения нуклеиновых кислот SARS-CoV-2.Дж. Клинический.лаборатория.анус.34(10), e23554 (2020).
Lefart, PR и др. Сравнительное исследование четырех платформ для тестирования амплификации нуклеиновых кислот (NAAT) SARS-CoV-2 показало, что производительность ID NOW значительно снижается в зависимости от пациента и типа образца.диагноз.микробиология.Заразить.дисс.99(1), 115200 (2021).
Молекула Эббота.Вкладыш в пакет для анализа SARS-CoV-2 в режиме реального времени.https://www.молекулярно.abbott/us/en/products/infectious-disease/RealTime-SARS-CoV-2-Assay.1-12.(По состоянию на 10 августа 2020 г.) (2020 г.).
Кляйн, С. и др.Выделение РНК SARS-CoV-2 с использованием магнитных шариков для быстрого крупномасштабного обнаружения с помощью RT-qPCR и RT-LAMP.Вирус 12(8), 863 (2020).
Время публикации: 08 декабря 2022 г.